Pada tingkat SMP, mata pelajaran yang diujikan dalam USBN mencakup pendidikan agama, PPKn, dan IPS. Di tingkat SMA, USBN terdiri dari pendidikan agama, PPKn, sejarah, dan tiga mata pelajaran sesuai peminatan atau jurusan. Sedangkan di tingkat SMK, USBN meliputi pendidikan agama, PPKn, dan keterampilan komputer.
Soal-soal dalam USBN sendiri akan dibubuhi pertanyaan esai atau uraian. Meski merupakan ujian sekolah, USBN pemerintah pusat bakal menitipkan 20–25% soal sebagai anchor. Sisanya, soal disusun oleh guru yang tergabung dalam Musyawarah Guru Mata Pelajaran (MGMP) di setiap daerah.
Kepala Pusat Penilaian Pendidikan (Kapuspendik) Kemdikbud Nizam menjelaskan, khusus UN SMA, para siswa bisa memilih salah satu dari tiga mata pelajaran yang terdapat dalam jurusan masing-masing (IPA, IPS, bahasa). Meski begitu, ketiga mata pelajaran tersebut tetap akan dujikan dalam USBN.
"Tahun ini siswa SMA mengerjakan UN, selain tiga mata pelajaran wajib, mereka dapat memilih satu mata pelajaran sesuai minatnya," ucapnya kepada Okezone, Selasa (27/12/2016).